ファンキーボム！！久方ですな〜〜〜！
お答えします。
結論から言うと、問題はないです。ただ、ベース用とギターのエフェクターではそれぞれの楽器の周波数帯域（まぁ、出す音の高さみたいな感じ）にもっとも効果的にかかるように作られています。
だもんで、ベースならベース用のものを使うのがベターです。
が、あえてベースにギター用のものを使ったりする人もいます。（欲しい音がその音だから）
てな感じ！また、遊びましょう！